农产品有害微生物及农残安全检测与控制北京市重点实验室是2011年北京市科学技术委员会认定的北京市重点实验室。实验室依托北京农学院，立足食品科学与工程学科，紧扣北京市食品安全需求、都市农业和京津冀协同发展需要，以服务首都农产品及食品安全为目标, 形成了从农田到餐桌产前、产中、产后完整的食品安全检测与控制研究体系。

实验室现有科研人员38人；实验室科研用房3000余平方米；仪器设备总值2000余万元，主要仪器设备均已纳入首都科技条件平台，在满足科研需求的同时，面对全校及社会开放。

北京都市农业研究院于2009年4月在北京农学院正式揭牌成立。北京都市农业研究院挂靠在北京农学院，研究人员主要来自北京市涉农高校与科研院所。

北京都市农业研究院立足应用基础、应用技术及其示范推广，针对影响北京都市型现代农业发展的跨区域、跨行业的综合性、战略性、关键性问题进行研究，文理并重，相互支撑。打造北京都市型现代农业科技创新和技术推广平台，为北京建设都市型现代农业提供理论、政策、技术与专业人才培养等支撑。

农业农村部华北都市农业重点实验室成立于2008年，依托生物科学与工程学院管理运行。聚焦“绿色有机精品农业、生态涵养和循环农业、观光休闲农业以及高端展示农业”发展，开展都市农业生产中的基础性、关键性和共性理论和技术研究。

重点实验室在北京农学院和北京农林科学院“生物工程、园艺学、作物学、植物保护、食品科学与工程、林学、风景园林学、兽医学、畜牧学和农业经济管理”等一级学科的支撑下，经过多年建设形成以下8个稳定的研究领域： 1、都市生态农业与环境修复； 2、都市健康农业与安全控制；3、都市生物农业与高效技术；4、都市农业产业理论与政策；5、都市鲜活农产品优质安全生产理论和关键技术；6、都市型观光休闲农业设施和技术；7、封闭式无土栽培和畜牧健康养殖等生态农业新技术；8、都市现代农业园区的规划创意和展示示范。

重点实验室在北京农学院和北京农林科学院“生物工程、园艺学、作物学、植物保护、食品科学与工程、林学、风景园林学、兽医学、畜牧学和农业经济管理”等一级学科的支撑下，经过多年建设形成以下8个稳定的研究领域： 1、都市生态农业与环境修复； 2、都市健康农业与安全控制；3、都市生物农业与高效技术；4、都市农业产业理论与政策；5、都市鲜活农产品优质安全生产理论和关键技术；6、都市型观光休闲农业设施和技术；7、封闭式无土栽培和畜牧健康养殖等生态农业新技术；8、都市现代农业园区的规划创意和展示示范。

重点实验室现已培养硕士研究生50名，2名讲师晋升为副教授，2名副教授晋升为教授。1名教师入选“北京高校青年拔尖人才计划”、1名入选“北京市科技新星计划” ，现有“北京市青年教学名师”1名，“北京市长城学者”1名。

实验室面积1600平方米，已有固定资产1686万元，2017获农业部“农业科技创新能力条件建设”项目资助，新购进1134万元的大型分析仪器和生物信息学平台等。现承担国家级项目44项，合计6244万元；省部级项目120余项，合计6139万元；企事业合作横向课题40余项，合计852万元。共承担科研项目200余项，在研经费达到1.3余亿元。

科研项目《农业废弃物规模化生产园艺基质关键技术及应用》获得农业部二等奖。共发表科研论文共100余篇，其中SCI收录20余篇，最高影响因子14.1；专利10余项，品种认定10余个。

实验室建立了全国都市现代农业发展监测评价与共享平台，连年编制《中国都市现代农业发展报告》，由农业部对外发布。借助开放课题增强对外交流，开放课题的设置紧紧围绕实验室主要任务和研究方向， 2018年共设立开放课题6项。不定期举办学术论坛，邀请国内外知名专家学者做学术报告，鼓励青年科技人员勇于探索，营造了良好的学术环境。

农业应用新技术北京市重点实验室是由北京市教育委员会和北京市科学技术委员会于2001年首批联合认定的北京市重点实验室。依托单位是北京农学院，是相对独立的科研实体。实验室实行学术委员会指导下的主任负责制，姚允聪教授担任实验室主任，中国工程院院士方智远教授担任实验室学术委员会主任。

实验室总体定位是应用研究和应用基础研究，重点研究方向为：开展植物遗传改良、种质创新与利用；果实发育与调控；高新生物技术研究。目标是将重点实验室建设成国内一流的科学研究、人才培养、学术交流与国际合作基地。

实验室现有研究人员50余名，专职管理和技术人员5名，其中高级专业技术职称人员占70%，博士学位研究人员占60%。实验室现有使用面积1300平方米，仪器设备先进，仪器设备200余台（套），设备总值近2000万元，其中10万元以上仪器设备20余台。所有仪器设备实行专管共用，面向全校及社会开放。

兽医学（中医药）北京市重点实验室是于2006年底经北京市教育委员会和北京市科学技术委员会批准成立的省部级重点实验室。现有教学科研人员34人，其中高级职称30人。实验室科研用房面积1200平方米，仪器设备总价值达2500余万元。实验室建有专业的细胞培养室，拥有核磁共振波谱仪、全自动二维液相分离系统等先进的科研仪器设备和各种中药成分制备分析设备，面向全校及社会开放。实验室研究特色是从动物体维持细胞环境的结构及其功能的角度探研经络本质、中(兽)医药学理论的现代科学内涵、针灸机理、中药作用机理。

基于在中兽医领域的突出地位，实验室作为亚洲中兽医学会常驻办事处、中国畜牧兽医学会中兽医学会秘书长单位、中国兽药协会中兽药推进委员会专家组组长单位、中国保健学会保健品功能评测单位、中国针灸学会经络委员会委员单位、北京生猪产业体系疫病控制组组长单位。实验室与美国哈佛大学等国外知名高校建立有长期的科研合作关系。